Em 1566, começou a chegada dos primeiros colonos nas terras do município, se concentrando em sua maioria nos vales dos rios da região. Em 1568, Brás Cubas, que era provedor das capitanias de São Vicente e Santo Amaro, recebeu, em doação de sesmaria, terras de testada para o mar e terras de fundo para o Rio Meriti. Já Cristóvão Monteiro, que recebeu terras às margens do Rio Iguaçu.
Nos séculos XVII e XVIII, a divisão administrativa de Iguaçu seguia critérios da igreja matriz assumia a responsabilidade jurídica e religiosa, administrando as capelas secundárias: as freguesias. Sendo assim, Pilar, Meriti, Estrela e Jacutinga, áreas que atualmente ocupam parte do território de Duque de Caxias, pertenciam a Iguaçu. A região tornou-se importante ponto de passagem das riquezas vindas do interior: o ouro das Minas Gerais, descoberto no momento de crise da lavoura açucareira e o café do Vale do Paraíba Fluminense, que representou cerca de setenta por cento de toda a economia brasileira nessa época.
